Die Gemeinde Fünfstetten betreibt ein eigenes Abwassernetz mit zentraler Reinigung und anschließender Einleitung in den Vorfluter Schwalb. Abwasser ist die Summe aus Niederschlagswasser (Regenwasser) und Schmutzwasser. Werden beide zusammen abgeleitet, spricht man vom Mischsystem. Wird Niederschlagswasser in einem eigenen Leitungsnetz gesammelt und direkt in einen Graben abgeleitet, spricht man von einem Trennsystem. In Fünfstetten sind beide Systeme vorhanden. Die derzeitige Abwasseranlage der Gemeinde ist wie folgt aufgebaut.
Der Schmutzwasseranfall in den Haushalten (z. B. Waschen, Spülen, WC-Benützung usw.) wird über die Hausinstallation zum öffentlichen Kanal geführt. Das Schmutzwasser muss im Grundstück getrennt zum Niederschlagswasser in eigenen Leitungen verlegt werden. Die Dimensionen der Hausinstallation beträgt fast immer DN 100. Im privaten Bereich muss sich jeder Gedanken machen bezüglich eines evtl. Kanalrückstaues. Bei starken Regenfällen ist es durchaus üblich, dass das Kanalsystem im Mischsystem die anfallenden Wassermassen nicht fassen und ein Rückstau entsteht. Als Rückstauebene bzw. die Höhe des Rückstaues kann die Straßenoberkante angenommen werden. Entwässerungsstellen unterhalb dieser Ebene sind gegen Rückstau zu schützen.
Die Abwasserableitungen im öffentlichen Grund haben je nach Einzugsgebiet verschiedene Dimensionen (DN 100 bis DN 1200). Die derzeitige Länge aller unserer Abwasserkanäle beträgt ca. 26 km. Die Länge der Schmutzwasserkanäle beträgt 5 km; Regenwasserkanäle 6 km. Um Kontrollen und Wartungsarbeiten an den Abwasserleitungen durchführen zu können, sind ca. 700 Revisionsschächte eingebaut.
Als Sonderbauwerke sind 3 Regenüberläufe, ein Regenüberlaufbecken und ein Regenrückhaltebecken zu nennen. Ein starker Regenfall überfordert ein Kanalsystem häufig. Die kurzfristig anfallenden großen Wassermengen sind nur über diese Sonderbauwerke in den Griff zu bekommen. Die o. g. Bauwerke leiten die überwiegend aus Niederschlagswasser bestehenden Abwassermengen entweder direkt in einen Vorfluter, in ein hierfür vorgesehenes Becken oder in einen Pufferspeicher.
Die Abwasserbeseitigung der Ortsteile Nussbühl, Heidmersbrunn und der Bahnhof wird über 3 zentrale Abwasserpumpstationen sichergestellt. An den drei Stationen wird das anfallende Abwasser in einem Schacht gesammelt, einem Behälter zugeführt und anschließend mit Druckluft über eine Druckleitung nach Fünfstetten befördert.
Die zentrale Kläranlage reinigt das ankommende Mischwasser (Niederschlags- und Schmutzwasser) in mehreren Schritten. Die Qualität nach der letzten Reinigungsstufe ist ausreichend, um das Abwasser in den Vorfluter ableiten zu können, ohne dort Schäden zu hinterlassen. Die Gesamtanlage wird ständig überwacht und regelmäßig über Messungen kontrolliert. Hierzu befindet sich auf dem Gelände der Kläranlage ein kleines Labor. Die Gesamtanlage kann bis zu 2500 Einwohner versorgen.
Nicht an die zentrale Abwasserkläranlage angeschlossen sind die Gebäude der umliegenden Höfe und Mühlen. Das dort anfallende Abwasser wird vor Ort über Kleinkläranlagen gereinigt und in einen Vorfluter eingeleitet.